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公司繳納年度的營所稅之後，股東常會即須承認財務報表，以當年度盈餘，先彌補前期虧損，並提撥法定盈餘公積之後，針對尚有的盈餘，決議是否分配，以及分配方式；無論是盈餘轉增資的股票股利，亦或是發放現金股利，應依據持股比例，將盈餘配發給股東；若股東為以投資為專業的公司，盈餘分配的公司，即無需處理二代健保扣費。
若股東是個人的話，給付公司即應計算二代健保的應扣補充保費，依法先扣費並代繳後，再配發股利；隔年，個人股東再依據所獲配的盈餘，申報個人綜所稅。
若股東常會決議不分配當年度盈餘的話，隔年，未分配盈餘將被加徵5%的未分配盈餘稅，形同遞延分配盈餘的股東，將額外增加實質稅賦負擔，也可避免股東以長年不分配盈餘的方式，延緩個人綜所稅的繳納。
然而，股東常會做出盈餘不分配的決議，亦可能是因為公司需要該筆資金，以利後續購置固定資產、機器設備、專利技術，為產業升級預作準備，並非出於延緩個人綜所稅繳納的意圖；然而，一旦未分配的盈餘，部分被加徵稅賦，恐影響公司未來營運的金流。
是故，2010年，施行『公司或有限合夥事業實質投資適用未分配盈餘減除及申請退稅辦法』後，公司只要在當年度盈餘發生之後，三年之內，將該盈餘用於實質投資，即可減除未分配盈餘加徵的稅基；若尚未完成實質投資，但未分配盈餘已被加徵稅賦者，亦可申請退還溢繳稅款。
而所謂的實質投資，應注意：
一、投資標的
包含，以供自行生產、營運所用的建築物、硬體設備、軟體設備、技術；但不包含土地，以及非屬資本支出的的設備與技術。
二、投資門檻
投資累積金額需達NTD100萬。
三、其他租稅減免併用
包含：產業創新條例、中小企業發展條例...等
是故，當企業投注研發與創新，或擴大資本投資之時，可多善用租稅減免的相關政策，為企業創造更多產業升級的契機。
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參考資料：
翰鼎會計記帳士事務所
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