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診所稅賦查核，可以說是每年稅務單位的查稅重點，主因在於診所醫師的執行業務收入高，但主要收入，卻區分為健保給付，以及健保未給付兩類；健保有給付的執行業務收入，都有扣繳憑單與分列項目表...等軌跡，以可供稅務單位查核其申報的正確性。
然而，健保未給付的執行業務收入，卻相對較難以掌握，這部份也成為稅務單位，每年所關注的重中之重；就過去的查核案例來看，主要的查核面相，約莫分為以下幾類：
一、由外部掌握
由診所或醫師的上游下游進一步掌握，包含：
1.透過醫材公司的出貨，掌握診所的進貨，了解診所執行業務收入的合理性
2.透過診所的就診人數，掌握診所的業績，了解診所執行業務收入的合理性
3.透過金融機構通報，掌握高頻或異常帳戶，掌握診所漏報執業收入的可能
4.透過民眾就診之後，未取得收據或憑證的舉報，掌握診所可能漏報的契機
二、由內部掌握
由診所或醫師的組織內部或個人狀況，進一步掌握，包含：
1.申報執行業務所得偏低，卻不斷購置新設備或開設新分所
2.申報執行業務所得時，未能提供合理完整的合夥經營佐證
3.申報執行業務所得時，長期虧損或獲利長期低於同業水平
4.申報執行業務所得時，執行業務收入低但利息收入異常高
5.申報執行業務所得時，部份費用科目明顯的高於同業水平
6.醫師或家人名下登記資產或匯入匯出款，與個人所得失衡
7.內部員工的舉報，或合夥人之間的糾紛爭端
三、其他
透過其他案件，牽連出診所或醫師申報的所得顯有異常，或特殊選案。
以上三者，都是過去診所或醫師稅務查核案件中，曾經出現過的查核軌跡；稅務規劃，關鍵在於合法性，無論是疏漏或故意，都可能為診所的經營，與醫師個人生活的品質，帶來無謂的困擾。
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參考資料：
翰鼎顧問股份有限公司
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