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外國公司可在台設立登記的各式組織，包含：分公司、辦事處、子公司，此三者在組織上的位階與結構，均各有不同；同時，三者在稅賦申報與繳納上，亦存在著部分差異。如同我們在【公司設立流程-外國公司在台設立登記各式組織】一文中曾討論，外資公司在台可以設立登記的公司組織，包含：分支機構、獨立個體，共兩類。故我們也分就兩類在稅賦上的差異，逐一分析。
一、分支機構
外資公司在台灣可以登記的公司組織，包含：設立台灣分公司、登記台灣辦事處，其相關分支機構的公司登記資訊，都可在經濟部商業司查詢，但稅賦申報問題，確有著極大的差異：
(一)外國公司設立台灣辦事處
外資公司在台灣可以登記的辦事處組織，但由於台灣辦事處為費用中心，不得為營利行為，故並不存在獲利與盈餘之問題，僅需申報營所稅與各類所得扣繳即可。
(二)外國公司設立台灣分公司
外資公司登記台灣分公司，確為營利主體，在台可以從事營利行為，故稅務申報程序就相對複雜許多。台灣分公司應逐其申報的稅賦，包含：每期應申報的營業稅，以及每年申報營所稅、各類所得扣繳。
也由於台灣分公司，乃屬外資總公司在台灣登記的分支機構，因此，當台灣分公司完成營所稅申報之後，剩餘利潤即如同從口袋取出，再放回身體，故性質上，乃屬利潤的返還，而非盈餘的分配。因此：
1.利潤返還並非盈餘分配，故不存在就源扣繳的問題。
2.利潤當期返還，不存在分配或保留問題，故亦無盈餘未分配加增的問題。
3.利潤返還之後，外國總公司再在其所處國家，再行課稅。
二、獨立個體
台灣子公司屬【被投資者】，其位階與外資(母)公司之【投資者】，實屬彼此相互獨立的兩個體；再者，也因為台灣子公司為核准營利之組織，故其稅賦申報程序，與前述台灣分公司一致，包含：每期申報營業稅、每年申報營所稅與各類所得扣繳；而當台灣子公司年度完稅之後，剩餘子公司的盈餘是否分配，此即交付股東常會決議之。
(一)盈餘分配
若股東常會決議分配，盈餘即在基準日分配給境外(母)公司，同時，台灣子公司(即扣繳義務人)即產生就源扣繳的申報與稅賦義務。
(二)盈餘保留
若股東常會決議不分配的話，台灣子公司的盈餘即保留，而未分配的台灣子公司盈餘，則會在下一個年度，被額外加徵5%的稅賦。待未來股東常會做出盈餘分配的決議之後，台灣子公司(即扣繳義務人)才會再產生就源扣繳的申報與稅賦義務。
(三)稅賦抵減的討論
台灣子公司自行承擔的營所稅，實屬台灣子公司利潤的納稅義務，與境外(母)公司無涉；然而，當台灣子公司盈餘分配給外資投資者時，由扣繳義務人所代扣的就源扣繳稅款，可由外資投資者於其所處國申報稅賦時，抵扣之。若外資投資者的稅務所處國(Tax Resident)，與台灣簽署有租稅協議的話，就源扣繳稅率亦有申請優惠的機會。
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參考資料：
翰鼎會計記帳士事務所
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